FAI UM Bengkulu dalam menjalankan Struktur Organisasi yang baik menggunakan sistem berjenjang dipimpin oleh Dekan dan dibantu oleh dua orang Wakil Dekan,
Dekan bertugas untuk melakukan manajerial dan konsolidasi secara internal maupun eksternal.
Wakil Dekan I bertugas membidangi Akademik dan Kemahasiswaan,
Wakil Dekan II membidangi Keuangan, Sumber Daya Manusia, Kerjasama dan Al-Islam Kemuhammadiyahan.
Tugas administrasi dijalankan oleh Kepala dan staff Tata Usaha.
Dalam pelaksanaan penyelenggaraan pendidikan di FAI UMBengkulu terdapat dua program studi yaitu Prodi Komunikasi dan Penyiaran Islam dan Prodi Pendidikan Agama Islam, kedua Prodi tersebut dipimpin oleh Ketua Program Studi (Kaprodi) serta dibantu oleh staff prodi.
Kaprodi bertugas untuk menyiapkan kegiatan pendidikan dan pembelajaran, menyiapkan kurikulum dan metode pembelajaran, serta melakukan penjaringan dan pemetaan potensi mahasiswa.
